Pomysł, by zorganizować niezależną od komunistycznych władz pomoc finansową dla mieszkańców polskich wsi, pojawił się w trakcie rozmów przedstawicieli niemieckiego i polskiego episkopatu już w 1981 r. Doczekał się jednak realizacji dopiero po sześciu latach, w 1987 r., kiedy powstała Fundacja Wspomagająca Zaopatrzenie Wsi w Wodę.
Utworzono ją po długich negocjacjach przedstawicieli kościoła katolickiego z reżimem komunistycznym. Negocjacje te miały na celu przywrócenie prawnej możliwości istnienia fundacji w Polsce (dekret z 1952 r. rozwiązywał wszystkie istniejące fundacje, negował możliwość ich istnienia oraz powodował przejęcie majątku istniejących fundacji przez państwo).
Fundacja Wspomagająca Zaopatrzenie Wsi w Wodę udzielała dotacji i preferencyjnych kredytów na budowę wodociągów i kanalizacji na terenach wiejskich oraz organizowała szkolenia dla mieszkańców wsi w zakresie małej przedsiębiorczości, agroturystyki, ochrony środowiska, podstaw demokracji lokalnej i budowania świadomości obywatelskiej.
Fundacja Rolnicza rozpoczęła działalność w 1991 r. Jej podstawowym celem była zmiana struktury zatrudnienia na terenach wiejskich. Zmiana ta miała się dokonać dzięki wspieraniu takich inicjatyw gospodarczych mieszkańców wsi i małych miast, które zmierzają do tworzenia źródeł zarobkowania poza rolnictwem.
Cel ten Fundacja realizowała poprzez udzielanie preferencyjnych kredytów realizatorom uzasadnionych ekonomicznie przedsięwzięć gospodarczych, osobom prowadzącym gospodarstwa agroturystyczne oraz bezrobotnym, którzy starali się stworzyć sobie samodzielne miejsca pracy i uniezależnić się od pomocy socjalnej państwa.
Jako jedyna organizacja pozarządowa w kraju, fundacja wspierała rozwój małej retencji wodnej, udzielając preferencyjnych kredytów na rekonstrukcję niewielkich elektrowni wodnych na terenach nizinnych.
Od 1999 r. Prezesem Fundacji Wspomagania Wsi jest Piotr Szczepański.